feat: bcp de commentaires + affichage des cercles en transparence

This commit is contained in:
Laurent Fainsin 2022-04-06 23:22:21 +02:00
parent 1cd414d524
commit e7a390af90

View file

@ -43,14 +43,7 @@ im_mask(end - 5:end, :, :) = 0;
im_mask(:, 1:5, :) = 0; im_mask(:, 1:5, :) = 0;
im_mask(:, end - 30:end, :) = 0; im_mask(:, end - 30:end, :) = 0;
% Affichage des images %% Affichage de l'image que l'on souhaite segmenter
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% A COMPLETER %
% Calculs des superpixels %
% Conseil : afficher les germes + les régions %
% à chaque étape / à chaque itération %
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
K = 100; K = 100;
m = 0.1; m = 0.1;
@ -62,27 +55,14 @@ ind_img = 1;
figure(1); figure(1);
imshow(im(:, :, :, ind_img)); title("Image " + num2str(ind_img)); imshow(im(:, :, :, ind_img)); title("Image " + num2str(ind_img));
%% Calculs des superpixels
figure(2); figure(2);
imshow(im(:, :, :, ind_img)); title("Image " + num2str(ind_img)); imshow(im(:, :, :, ind_img)); title("Image " + num2str(ind_img));
hold on; hold on;
[germes, image_labelise, E] = super_pixel(im(:, :, :, ind_img), K, m, n, seuil_E, q_max); [germes, image_labelise, E] = super_pixel(im(:, :, :, ind_img), K, m, n, seuil_E, q_max);
% subplot(2, 2, 2); imshow(im(:, :, :, 9)); title('Image 9'); %% Binarisation de l'image à partir des superpixels
% hold on;
% germes = super_pixel(im(:, :, :, 9), K, m, n, q_max);
%
% subplot(2, 2, 3); imshow(im(:, :, :, 17)); title('Image 17');
% hold on;
% germes = super_pixel(im(:, :, :, 17), K, m, n, q_max);
%
% subplot(2, 2, 4); imshow(im(:, :, :, 25)); title('Image 25');
% hold on;
% germes = super_pixel(im(:, :, :, 25), K, m, n, q_max);
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% A COMPLETER %
% Binarisation de l'image à partir des superpixels %
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
figure(3); figure(3);
R = germes(:, 3); R = germes(:, 3);
@ -90,31 +70,37 @@ B = germes(:, 5);
scatter(R, B); scatter(R, B);
hold on hold on
% définition des coefficients de la droite pour le seuillage
a = (0.7 - 0.1) / (0.6 - 0.2); a = (0.7 - 0.1) / (0.6 - 0.2);
b = 0.1 - a * 0.2; b = 0.1 - a * 0.2;
% affichage de la droite (pour vérification visuelle du seuillage)
plot([0 1], [b a + b]); plot([0 1], [b a + b]);
W = a * R + b - B > 0; W = a * R + b - B > 0;
germes = [germes W]; germes = [germes W];
%% %% Affichage et amélioration de la binarisation
figure(4); figure(4);
tiledlayout(2, 2, 'Padding', 'none', 'TileSpacing', 'compact'); tiledlayout(2, 2, 'Padding', 'none', 'TileSpacing', 'compact');
bw_img = reshape(germes(image_labelise, 6), size(im, 1), []); bw_img = reshape(germes(image_labelise, 6), size(im, 1), []);
% affichage de l'image binarisée
nexttile; nexttile;
imshow(bw_img); imshow(bw_img);
% calcul de la plus grande zone convexe blanche
CC = bwconncomp(bw_img, 4); CC = bwconncomp(bw_img, 4);
bw_img = zeros(size(bw_img)); bw_img = zeros(size(bw_img));
bw_img(CC.PixelIdxList{1}) = 1; bw_img(CC.PixelIdxList{1}) = 1;
% affichage de la plus grande zone convexe blanche
nexttile; nexttile;
imshow(bw_img); imshow(bw_img);
% calcul des zones convexes noires
bw_img = ~bw_img; bw_img = ~bw_img;
CC = bwconncomp(bw_img, 4); CC = bwconncomp(bw_img, 4);
@ -123,57 +109,51 @@ bw_img(CC.PixelIdxList{1}) = 1;
bw_img = ~bw_img; bw_img = ~bw_img;
% suppressions des zones convexes noires
nexttile; nexttile;
imshow(bw_img); imshow(bw_img);
% affichage du masque binaire fourni sur Moodle
bw_img = im_mask(:, :, ind_img); bw_img = im_mask(:, :, ind_img);
nexttile; nexttile;
imshow(bw_img); imshow(bw_img);
%% Squeletisation de l'image
figure(5); figure(5);
tiledlayout(2, 2, 'Padding', 'none', 'TileSpacing', 'compact'); tiledlayout(2, 2, 'Padding', 'none', 'TileSpacing', 'compact');
% affichage de l'image
nexttile; nexttile;
imshow(bw_img); imshow(bw_img);
hold on hold on
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% % affichage du contour de la binarisation
% A FAIRE SI VOUS UTILISEZ LES MASQUES BINAIRES FOURNIS %
% Chargement des masques binaires %
% de taille nb_lignes x nb_colonnes x nb_images %
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
pixel_b = find(bw_img == 1); pixel_b = find(bw_img == 1);
[r, c] = ind2sub(size(bw_img), pixel_b(1)); [r, c] = ind2sub(size(bw_img), pixel_b(1));
contour = bwtraceboundary(bw_img, [r c], 'W', 8); contour = bwtraceboundary(bw_img, [r c], 'W', 8);
plot(contour(:, 2), contour(:, 1), 'g', 'LineWidth', 3); plot(contour(:, 2), contour(:, 1), 'g', 'LineWidth', 3);
% r = delaunay(contour); % affichage du diagramme de voronoi du contour
% barycentres = (contour(r(:,1),:) + contour(r(:,2),:) + contour(r(:,3),:)) / 3; T = 10; % échantillonage du contour matlab
% scatter(barycentres(:,2), barycentres(:,1));
% % triplot(r, contour(:,2), contour(:,1));
T = 1;
[vx, vy] = voronoi(contour(1:T:end, 1), contour(1:T:end, 2)); [vx, vy] = voronoi(contour(1:T:end, 1), contour(1:T:end, 2));
plot(vy, vx, 'b'); plot(vy, vx, 'b');
% Selection des segments qui ont leurs extrémités dans l'image % Selection des segments qui ont leurs extrémités dans l'image
ok = vx(1, :) > 1 & vx(1, :) < size(bw_img, 1) & ... ok = vx(1, :) > 1 & vx(1, :) < size(bw_img, 1) & ...
vx(2, :) > 1 & vx(2, :) < size(bw_img, 1) & ... vx(2, :) > 1 & vx(2, :) < size(bw_img, 1) & ...
vy(1, :) > 1 & vy(1, :) < size(bw_img, 2) & ... vy(1, :) > 1 & vy(1, :) < size(bw_img, 2) & ...
vy(2, :) > 1 & vy(2, :) < size(bw_img, 2); vy(2, :) > 1 & vy(2, :) < size(bw_img, 2);
vx = floor(vx(:, ok)); vx = floor(vx(:, ok));
vy = floor(vy(:, ok)); vy = floor(vy(:, ok));
% subplot(2,2,2); % affichage des points de voronoi visibles
nexttile; nexttile;
imshow(bw_img); imshow(bw_img);
hold on hold on
plot(vy, vx, 'b'); plot(vy, vx, 'b');
% Selection des segments avec les extremités dans la forme % selection des segments avec les extremités dans la forme
ind1 = sub2ind(size(bw_img), vx(1, :), vy(1, :)); ind1 = sub2ind(size(bw_img), vx(1, :), vy(1, :));
ok1 = bw_img(ind1) > 0; ok1 = bw_img(ind1) > 0;
@ -184,13 +164,12 @@ ok = ok1 & ok2;
vx = vx(:, ok); vx = vx(:, ok);
vy = vy(:, ok); vy = vy(:, ok);
% subplot(2,2,3); % affichage des points de voronoi uniquement dans la forme binaire
nexttile; nexttile;
imshow(bw_img); imshow(bw_img);
hold on hold on
plot(vy, vx, 'b');
% Remise en forme de vx et vy % mise en forme de vx et vy pour les prochains calculs
vx_ = vx'; vx_ = vx';
vx_ = [vx_(:, 1); vx_(:, 2)]; vx_ = [vx_(:, 1); vx_(:, 2)];
@ -199,24 +178,22 @@ vy_ = [vy_(:, 1); vy_(:, 2)];
V_ = [vx_ vy_]; V_ = [vx_ vy_];
% Calcule des rayons % calcul des rayons des points de voronoi au contour
contour_ = contour'; contour_ = contour';
R = complex(V_(:, 1), V_(:, 2)) - complex(contour_(1, :), contour_(2, :)); R = complex(V_(:, 1), V_(:, 2)) - complex(contour_(1, :), contour_(2, :));
R = abs(R); R = abs(R);
R = min(R, [], 2); R = min(R, [], 2);
R = R'; R = R';
% affichage des cercles
vx_vy = [vy(1, :) vy(2, :); vx(1, :) vx(2, :)]'; vx_vy = [vy(1, :) vy(2, :); vx(1, :) vx(2, :)]';
viscircles(vx_vy(1:1:end, :), R(1:1:end)); T = 1;
viscircles(vx_vy(1:T:end, :), R(1:T:end), 'Color',[0 1 0 0.3]);
% Filtrage naif % affichage du squellette
% truc = find(R < 20); plot(vy, vx, 'b');
% truc = mod(truc - 1, length(vx)) + 1;
%
% vx(:,truc) = [];
% vy(:,truc) = [];
% Filtrage scalaire % Scale Axis Transform
R_scaled = 1.05 * R; R_scaled = 1.05 * R;
dist = abs(complex(V_(:, 1), V_(:, 2)) - transpose(complex(V_(:, 1), V_(:, 2)))); dist = abs(complex(V_(:, 1), V_(:, 2)) - transpose(complex(V_(:, 1), V_(:, 2))));
@ -233,30 +210,16 @@ R = [R(1:length(R) / 2); R(length(R) / 2 + 1:end)];
R(:, mod(c - 1, length(R)) + 1) = []; R(:, mod(c - 1, length(R)) + 1) = [];
R = [R(1, :) R(2, :)]; R = [R(1, :) R(2, :)];
% subplot(2,2,4); % affichage du squelette filtré par SAT
nexttile; nexttile;
imshow(bw_img); imshow(bw_img);
hold on hold on
plot(vy, vx, 'b');
vx_vy = [vy(1, :) vy(2, :); vx(1, :) vx(2, :)]'; vx_vy = [vy(1, :) vy(2, :); vx(1, :) vx(2, :)]';
viscircles(vx_vy(1:1:end, :), R(1:1:end)); viscircles(vx_vy(1:T:end, :), R(1:T:end), 'Color',[0 1 0 0.3]);
plot(vy, vx, 'b');
%% %% Reconstruction des points 3D
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% A DECOMMENTER ET COMPLETER %
% quand vous aurez les images segmentées %
% Affichage des masques associes %
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% Affichage des masques associes
% figure;
% subplot(2,2,1); ... ; title('Masque image 1');
% subplot(2,2,2); ... ; title('Masque image 9');
% subplot(2,2,3); ... ; title('Masque image 17');
% subplot(2,2,4); ... ; title('Masque image 25');
% Reconstruction des points 3D
X = []; % Contient les coordonnees des points en 3D X = []; % Contient les coordonnees des points en 3D
color = []; % Contient la couleur associee color = []; % Contient la couleur associee
% Pour chaque coupple de points apparies % Pour chaque coupple de points apparies
@ -287,7 +250,6 @@ end;
fprintf('Calcul des points 3D termine : %d points trouves. \n', size(X, 2)); fprintf('Calcul des points 3D termine : %d points trouves. \n', size(X, 2));
%affichage du nuage de points 3D
figure(6); figure(6);
hold on; hold on;
@ -298,17 +260,16 @@ end;
axis equal; axis equal;
view(80, -10); view(80, -10);
% A COMPLETER %% Tetraedrisation de Delaunay
% Tetraedrisation de Delaunay
T = delaunayTriangulation(X(1, :)', X(2, :)', X(3, :)'); T = delaunayTriangulation(X(1, :)', X(2, :)', X(3, :)');
fprintf('Tetraedrisation terminee : %d tetraedres trouves. \n',size(T,1));
% A DECOMMENTER POUR AFFICHER LE MAILLAGE
% fprintf('Tetraedrisation terminee : %d tetraedres trouves. \n',size(T,1));
% Affichage de la tetraedrisation de Delaunay % Affichage de la tetraedrisation de Delaunay
% figure; % figure(7);
% tetramesh(T); % tetramesh(T);
% A DECOMMENTER ET A COMPLETER %% Filtrage de la tetraedrisation de Delaunay
% Calcul des barycentres de chacun des tetraedres % Calcul des barycentres de chacun des tetraedres
poids = [1 1 1 1] / 4; poids = [1 1 1 1] / 4;
@ -321,8 +282,6 @@ for i = 1:size(T, 1)
C_g(4, i) = 1; C_g(4, i) = 1;
end end
% A DECOMMENTER POUR VERIFICATION
% A RE-COMMENTER UNE FOIS LA VERIFICATION FAITE
% Visualisation pour vérifier le bon calcul des barycentres % Visualisation pour vérifier le bon calcul des barycentres
% for i = 1:nb_images % for i = 1:nb_images
% for k = 1:nb_barycentres % for k = 1:nb_barycentres
@ -336,7 +295,6 @@ end
% end % end
% end % end
% A DECOMMENTER ET A COMPLETER
% Copie de la triangulation pour pouvoir supprimer des tetraedres % Copie de la triangulation pour pouvoir supprimer des tetraedres
tri = T.ConnectivityList; tri = T.ConnectivityList;
% Retrait des tetraedres dont au moins un des barycentres % Retrait des tetraedres dont au moins un des barycentres
@ -370,12 +328,13 @@ end
triBis = tri(to_save, :); triBis = tri(to_save, :);
nb_barycentres = length(to_save); nb_barycentres = length(to_save);
% A DECOMMENTER POUR AFFICHER LE MAILLAGE RESULTAT
% Affichage des tetraedres restants
fprintf('Retrait des tetraedres exterieurs a la forme 3D termine : %d tetraedres restants. \n', size(T, 1)); fprintf('Retrait des tetraedres exterieurs a la forme 3D termine : %d tetraedres restants. \n', size(T, 1));
figure(7);
figure(8);
tetramesh(triBis, T.Points); tetramesh(triBis, T.Points);
view(80, -10); view(80, -10);
% Sauvegarde des donnees % Sauvegarde des donnees
save donnees; save donnees;