feat: bcp de commentaires + affichage des cercles en transparence

TP_maillage.m

@@ -43,14 +43,7 @@ im_mask(end - 5:end, :, :) = 0;
 im_mask(:, 1:5, :) = 0;
 im_mask(:, end - 30:end, :) = 0;
 
-% Affichage des images
+%% Affichage de l'image que l'on souhaite segmenter
-
-%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
-% A COMPLETER                                             %
-% Calculs des superpixels                                 %
-% Conseil : afficher les germes + les régions             %
-% à chaque étape / à chaque itération                     %
-%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
 
 K = 100;
 m = 0.1;
@@ -62,27 +55,14 @@ ind_img = 1;
 figure(1);
 imshow(im(:, :, :, ind_img)); title("Image " + num2str(ind_img));
 
+%% Calculs des superpixels
+
 figure(2);
 imshow(im(:, :, :, ind_img)); title("Image " + num2str(ind_img));
 hold on;
 [germes, image_labelise, E] = super_pixel(im(:, :, :, ind_img), K, m, n, seuil_E, q_max);
 
-% subplot(2, 2, 2); imshow(im(:, :, :, 9)); title('Image 9');
+%% Binarisation de l'image à partir des superpixels
-% hold on;
-% germes = super_pixel(im(:, :, :, 9), K, m, n, q_max);
-%
-% subplot(2, 2, 3); imshow(im(:, :, :, 17)); title('Image 17');
-% hold on;
-% germes = super_pixel(im(:, :, :, 17), K, m, n, q_max);
-%
-% subplot(2, 2, 4); imshow(im(:, :, :, 25)); title('Image 25');
-% hold on;
-% germes = super_pixel(im(:, :, :, 25), K, m, n, q_max);
-
-%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
-% A COMPLETER                                             %
-% Binarisation de l'image à partir des superpixels        %
-%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
 
 figure(3);
 R = germes(:, 3);
@@ -90,31 +70,37 @@ B = germes(:, 5);
 scatter(R, B);
 hold on
 
+% définition des coefficients de la droite pour le seuillage
 a = (0.7 - 0.1) / (0.6 - 0.2);
 b = 0.1 - a * 0.2;
 
+% affichage de la droite (pour vérification visuelle du seuillage)
 plot([0 1], [b a + b]);
 
 W = a * R + b - B > 0;
 germes = [germes W];
 
-%%
+%% Affichage et amélioration de la binarisation
 
 figure(4);
 tiledlayout(2, 2, 'Padding', 'none', 'TileSpacing', 'compact');
 
 bw_img = reshape(germes(image_labelise, 6), size(im, 1), []);
 
+% affichage de l'image binarisée
 nexttile;
 imshow(bw_img);
 
+% calcul de la plus grande zone convexe blanche
 CC = bwconncomp(bw_img, 4);
 bw_img = zeros(size(bw_img));
 bw_img(CC.PixelIdxList{1}) = 1;
 
+% affichage de la plus grande zone convexe blanche
 nexttile;
 imshow(bw_img);
 
+% calcul des zones convexes noires
 bw_img = ~bw_img;
 
 CC = bwconncomp(bw_img, 4);
@@ -123,57 +109,51 @@ bw_img(CC.PixelIdxList{1}) = 1;
 
 bw_img = ~bw_img;
 
+% suppressions des zones convexes noires
 nexttile;
 imshow(bw_img);
 
+% affichage du masque binaire fourni sur Moodle
 bw_img = im_mask(:, :, ind_img);
-
 nexttile;
 imshow(bw_img);
 
+%% Squeletisation de l'image
+
 figure(5);
 tiledlayout(2, 2, 'Padding', 'none', 'TileSpacing', 'compact');
+
+% affichage de l'image
 nexttile;
 imshow(bw_img);
 hold on
 
-%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+% affichage du contour de la binarisation
-% A FAIRE SI VOUS UTILISEZ LES MASQUES BINAIRES FOURNIS   %
-% Chargement des masques binaires                         %
-% de taille nb_lignes x nb_colonnes x nb_images           %
-%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
-
 pixel_b = find(bw_img == 1);
 [r, c] = ind2sub(size(bw_img), pixel_b(1));
 contour = bwtraceboundary(bw_img, [r c], 'W', 8);
 plot(contour(:, 2), contour(:, 1), 'g', 'LineWidth', 3);
 
-% r = delaunay(contour);
+% affichage du diagramme de voronoi du contour
-% barycentres = (contour(r(:,1),:) + contour(r(:,2),:) + contour(r(:,3),:)) / 3;
+T = 10; % échantillonage du contour matlab
-% scatter(barycentres(:,2), barycentres(:,1));
-% % triplot(r, contour(:,2), contour(:,1));
-
-T = 1;
 [vx, vy] = voronoi(contour(1:T:end, 1), contour(1:T:end, 2));
-
 plot(vy, vx, 'b');
 
 % Selection des segments qui ont leurs extrémités dans l'image
 ok = vx(1, :) > 1 & vx(1, :) < size(bw_img, 1) & ...
-vx(2, :) > 1 & vx(2, :) < size(bw_img, 1) & ...
+    vx(2, :) > 1 & vx(2, :) < size(bw_img, 1) & ...
     vy(1, :) > 1 & vy(1, :) < size(bw_img, 2) & ...
     vy(2, :) > 1 & vy(2, :) < size(bw_img, 2);
 vx = floor(vx(:, ok));
 vy = floor(vy(:, ok));
 
-% subplot(2,2,2);
+% affichage des points de voronoi visibles
 nexttile;
 imshow(bw_img);
 hold on
 plot(vy, vx, 'b');
 
-% Selection des segments avec les extremités dans la forme
+% selection des segments avec les extremités dans la forme
-
 ind1 = sub2ind(size(bw_img), vx(1, :), vy(1, :));
 ok1 = bw_img(ind1) > 0;
 
@@ -184,13 +164,12 @@ ok = ok1 & ok2;
 vx = vx(:, ok);
 vy = vy(:, ok);
 
-% subplot(2,2,3);
+% affichage des points de voronoi uniquement dans la forme binaire
 nexttile;
 imshow(bw_img);
 hold on
-plot(vy, vx, 'b');
 
-% Remise en forme de vx et vy
+% mise en forme de vx et vy pour les prochains calculs
 vx_ = vx';
 vx_ = [vx_(:, 1); vx_(:, 2)];
 
@@ -199,24 +178,22 @@ vy_ = [vy_(:, 1); vy_(:, 2)];
 
 V_ = [vx_ vy_];
 
-% Calcule des rayons
+% calcul des rayons des points de voronoi au contour
 contour_ = contour';
 R = complex(V_(:, 1), V_(:, 2)) - complex(contour_(1, :), contour_(2, :));
 R = abs(R);
 R = min(R, [], 2);
 R = R';
 
+% affichage des cercles
 vx_vy = [vy(1, :) vy(2, :); vx(1, :) vx(2, :)]';
-viscircles(vx_vy(1:1:end, :), R(1:1:end));
+T = 1;
+viscircles(vx_vy(1:T:end, :), R(1:T:end), 'Color',[0 1 0 0.3]);
 
-% Filtrage naif
+% affichage du squellette
-% truc = find(R < 20);
+plot(vy, vx, 'b');
-% truc = mod(truc - 1, length(vx)) + 1;
-%
-% vx(:,truc) = [];
-% vy(:,truc) = [];
 
-% Filtrage scalaire
+% Scale Axis Transform
 R_scaled = 1.05 * R;
 
 dist = abs(complex(V_(:, 1), V_(:, 2)) - transpose(complex(V_(:, 1), V_(:, 2))));
@@ -233,30 +210,16 @@ R = [R(1:length(R) / 2); R(length(R) / 2 + 1:end)];
 R(:, mod(c - 1, length(R)) + 1) = [];
 R = [R(1, :) R(2, :)];
 
-% subplot(2,2,4);
+% affichage du squelette filtré par SAT
 nexttile;
 imshow(bw_img);
 hold on
-plot(vy, vx, 'b');
 vx_vy = [vy(1, :) vy(2, :); vx(1, :) vx(2, :)]';
-viscircles(vx_vy(1:1:end, :), R(1:1:end));
+viscircles(vx_vy(1:T:end, :), R(1:T:end), 'Color',[0 1 0 0.3]); 
+plot(vy, vx, 'b');
 
-%%
+%% Reconstruction des points 3D
 
-%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
-% A DECOMMENTER ET COMPLETER                              %
-% quand vous aurez les images segmentées                  %
-% Affichage des masques associes                          %
-%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
-
-% Affichage des masques associes
-% figure;
-% subplot(2,2,1); ... ; title('Masque image 1');
-% subplot(2,2,2); ... ; title('Masque image 9');
-% subplot(2,2,3); ... ; title('Masque image 17');
-% subplot(2,2,4); ... ; title('Masque image 25');
-
-% Reconstruction des points 3D
 X = []; % Contient les coordonnees des points en 3D
 color = []; % Contient la couleur associee
 % Pour chaque coupple de points apparies
@@ -287,7 +250,6 @@ end;
 
 fprintf('Calcul des points 3D termine : %d points trouves. \n', size(X, 2));
 
-%affichage du nuage de points 3D
 figure(6);
 hold on;
 
@@ -298,17 +260,16 @@ end;
 axis equal;
 view(80, -10);
 
-% A COMPLETER
+%% Tetraedrisation de Delaunay
-% Tetraedrisation de Delaunay
+
-T = delaunayTriangulation(X(1, :)', X(2, :)', X(3, :)');
+T = delaunayTriangulation(X(1, :)', X(2, :)', X(3, :)');
+fprintf('Tetraedrisation terminee : %d tetraedres trouves. \n',size(T,1));
 
-% A DECOMMENTER POUR AFFICHER LE MAILLAGE
-% fprintf('Tetraedrisation terminee : %d tetraedres trouves. \n',size(T,1));
 % Affichage de la tetraedrisation de Delaunay
-% figure;
+% figure(7);
 % tetramesh(T);
 
-% A DECOMMENTER ET A COMPLETER
+%% Filtrage de la tetraedrisation de Delaunay
 
 % Calcul des barycentres de chacun des tetraedres
 poids = [1 1 1 1] / 4;
@@ -321,8 +282,6 @@ for i = 1:size(T, 1)
     C_g(4, i) = 1;
 end
 
-% A DECOMMENTER POUR VERIFICATION
-% A RE-COMMENTER UNE FOIS LA VERIFICATION FAITE
 % Visualisation pour vérifier le bon calcul des barycentres
 % for i = 1:nb_images
 %    for k = 1:nb_barycentres
@@ -336,7 +295,6 @@ end
 %    end
 % end
 
-% A DECOMMENTER ET A COMPLETER
 % Copie de la triangulation pour pouvoir supprimer des tetraedres
 tri = T.ConnectivityList;
 % Retrait des tetraedres dont au moins un des barycentres
@@ -370,12 +328,13 @@ end
 triBis = tri(to_save, :);
 nb_barycentres = length(to_save);
 
-% A DECOMMENTER POUR AFFICHER LE MAILLAGE RESULTAT
-% Affichage des tetraedres restants
 fprintf('Retrait des tetraedres exterieurs a la forme 3D termine : %d tetraedres restants. \n', size(T, 1));
-figure(7);
+
+figure(8);
 tetramesh(triBis, T.Points);
 view(80, -10);
 
 % Sauvegarde des donnees
 save donnees;
+
+